El mayor elenco faunístico del Parque Nacional Perito Moreno está formado por las aves, con 120 especies registradas.
Los humedales y cuerpos de agua ofrecen alimento, refugio y material de nidificación para un importante grupo de aves, entre ellas patos, gaviotas, chorlos, playeros, garzas, zambullidores y macaes entre otros.
De las especies emblemáticas, se destaca el Pato de los torrentes, especie adaptada a los ríos torrentosos de montaña cuyos números están disminuyendo notoriamente en Patagonia norte, el chorlito ceniciento endémica de la región, y los registros ocasionales de macá tobiano endémica de la provincia de Santa Cruz. Estas últimas especies se encuentra en peligro crítico de extinción.
Pueblan la estepa el choique y, entre los coirones, crían las cuatro especies de agachonas o chorlos aperdizados. Los cerros y acantilados del área protegida son utilizados como sitios de nidificación y apostaderos por varias especies entre las que se destacan el cóndor, el águila mora, el matamico blanco y el ñacurutú.
El Parque Nacional Perito Moreno y la Reserva Provincial San Lorenzo, han sido declaradas por BirdLife International -a través de Aves Argentinas-como Área Importante para la Conservación de las Aves (AICA)